Podobnie jak poprzednie odsłony Far Cry, Far Cry 6 również zawiera ukryte zakończenie na początku gry. Aktywować je można po ukończeniu prologu poprzez odpłynięcie z wyspy będącej siedzibą Liberat. Dani raczy się w nim piwem na plaży Miami, a spiker w radiu opisuje klęskę partyzanckiej grupy na Yarze.